Informationsmanagement in der systembiologie datenbanken integration modellierung. Silke Eckstein 2019-01-25

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eBook: Informationsmanagement in der Systembiologie von Silke Eckstein

informationsmanagement in der systembiologie datenbanken integration modellierung

Konzepte können in angeordnet werden. So stellt zum Beispiel der Lactoserepressor in Bakterien die Gene für die Synthese von Enzymen zum Lactoseabbau Milchzuckerabbau ruhig. Diesen Code nennt man auch den genetischen Code. Für die Dephosphorylierung wird in einem solchen Fall auch die gleiche Phosphatase benötigt. Dabei tritt zweimal hintereinander die gleiche durch die gleiche Kinase katalysierte Reaktion auf und das Produkt der ersten wird das Substrat der zweiten, an derem Ende das ursprüngliche Substrat mit zwei Phosphatgruppen versehen ist.

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Informationsmanagement in der Systembiologie

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Referenzfunktionen zugeordnet, wobei ein Lexikoneintrag auf mehrere Konzepte oder Relationen verweisen kann und auch einem Konzept bzw. . Des Weiteren hat jeder Term einen Namen, ist mit einer Namensraumangabe den Subontologien zugeordnet, zu denen er gehört, besitzt eine Definition und ggf. Gleichzeitig repräsentieren sie die ein- und ausgehenden Pfeile der Reaktion. Allerdings sind nicht alle Enzyme zu jedem Zeitpunkt und unter allen Umständen katalytisch aktiv. Das sind Peptide, die von bestimmten Bakterien abgesondert werden und das Wachstum anderer Bakterien hemmen.

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Informationsmanagement in der Systembiologie

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So kann man zum Beispiel sehen, dass der zweite Schritt von einer Phosphoglucose-Isomerase katalysiert wird. Der Preis dafür ist allerdings recht hoch, da für jede integrierte Datenquelle ein eigener Parser benötigt wird. Schließlich gibt es noch andere, Organismen umfassende Datenbanken wie zum Beispiel zur Gentechnik im landwirtschaftlichen Bereich. Sie hat sich zum De-facto-Standard zur Annotation von Genprodukten entwickelt und wird in vielen Datenbanken eingesetzt. Ontologiesprachen mit formaler Semantik erlauben es, mathematische Schlussfolgerungen aus den angegebenen Fakten zu ziehen und so auf weitere Fakten zu schließen. Eins dieser Prinzipien ist zum Beispiel die Verwendung einer einheitlichen Syntax.

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Beispiele für die räumliche Struktur von Proteinen auf allen vier Ebenen sind in Abb. Will man die intra- und interzellulären Vorgänge erforschen, so muss man die Bestandteile der Zelle kennen. Oder man möchte sich alle Individuen herleiten lassen, die zu einem bestimmten Konzept gehören, bzw. Eine weitere Säule bilden Datenbanken zur Medikamententwicklung, wie beispielsweise zur Antikörperforschung. Dabei wurden sechs Kategorien von Datenbanken vorgestellt, die sich an den biologischen Zusammenhängen, wie sie in Kap.

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Informationsmanagement in der Systembiologie: Datenbanken, Integration, Modellierung

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Die dreidimensionale Struktur der Proteine wird durch ihre Aminosäuresequenz festgelegt und ist ausschlaggebend für ihre Funktion. Austauschformate sind nur ein Aspekt der Datenintegration. Insbesondere können zum Beispiel Klassen gleichzeitig Individuen sein. Die Reaktion wird von dem Enzym Aldolase katalysiert. Das folgende Beispiel besagt, dass Proteine mit Proteinen interagieren können: 1 2 3 4 Auf der Instanzenebene könnte das dann so aussehen: 1 2 3 118 4 Informationsintegration Ohne weitere Angaben können Individuen auch mehreren Klassen gleichzeitig angehören.

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Als Grundlage dafür führen wir zunächst Ontologien als solche ein. Der Fokus liegt somit auf Zusammenhängen zwischen Phenotyp und Genotyp. Mit owl:Restriction-Elementen können die Eigenschaften weiter eingeschränkt bzw. Entsprechend gibt es auch Datenbanken über Krankheiten und hier speziell Datenbanken zur Immunbiologie. Damit ein Gen überhaupt transkribiert werden kann, müssen bestimmte Proteine — sogenannte Transkriptionsfaktoren — an die Promotorregion dieses Gens binden, die sich vor dem kodierenden Bereich befindet. In elektronischer Form entwickelten sie sich dann als Sammlungen sogenannter Flat Files. Das bedeutet, dass nicht vorhandene Information als unbekannt behandelt wird und aus dem Nichtvorhandensein nicht gefolgert werden kann, dass etwas nicht gilt.

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Silke Eckstein

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Des Weiteren kommt diese Aminosäure extrem selten vor, sodass man im Allgemeinen von 20 in Proteinen vorkommenden Aminosäuren spricht. In den ersten Schritten wurde er mehrfach phosphoryliert und isomerisiert aber nicht in seiner Grundstruktur geändert. Beispiele für solche Verbindungen sind Moleküle. Allerdings hat sich die Situation in den letzten Jahren dahingehend dramatisch geändert, dass nun immer größere Mengen an Daten zur Verfügung stehen, die Auskunft geben über die Interaktionen bestimmter Moleküle. Auch diese Datenbank basiert auf den einschlägigen Veröffentlichungen. Die Datenbasis, aufgrund derer sich biologische Netzwerke erstellen lassen, wird also immer umfangreicher, sodass die Beschreibung der Netzwerke immer genauer wird.

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Informationsmanagement in der Systembiologie : Datenbanken, Integration, Modellierung (Book, 2011) [vitecgroup.it]

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Datentyp-Properties können wie folgt zugewiesen werden: 1 2 3 4 5 Makromoleküle bekommen damit einen Namen vom Typ String. Dieses Element enthält drei connector-Elemente, c5, c6 und c14, mit denen die Verbindungen zu den beteiligten Substanzen hergestellt werden. Leider wird bei den Austauschformaten nicht mit angegeben, welche Abb. Dazu gehören also alle die Datenbanken, die abgeleitete Informationen enthalten, wie zum Beispiel vorhergesagte Proteinsequenzen — also aus Nukleinsäuresequenzen berechnete Aminosäuresequenzen, die noch nicht experimentell bestätigt wurden. Seit 2002 leitet sie die Bioinformationssysteme-Gruppe des Instituts und übernahm dort von April 2007 bis März 2008 die Lehrstuhlvertretung.

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